Le Collège Louis-Riel est l'aboutissement d'une série d'initiatives éducatives entreprises par plusieurs communautés religieuses depuis la fondation de la mission catholique à la Rivière-Rouge en 1818.
Des prêtres séculiers d'abord, puis les Frères des Écoles Chrétiennes et ensuite les Oblats se sont chargés de l'éducation des garçons de Saint-Boniface jusqu'à l'arrivée des Jésuites en 1885. Ces derniers ont dirigé le cours classique au Collège de Saint-Boniface jusqu'en 1971, alors que l'institution est devenue une maison d'enseignement publique. Le Collège secondaire de Saint-Boniface (CSSB), ouvert aux garçons et aux filles de la 9e à la 12e année, est devenu l'école secondaire française de la Division scolaire de Saint-Boniface.
À Saint-Boniface, il existait également deux autres écoles secondaires, l'Académie Saint-Joseph, dirigée par les Sœurs des Saints Noms de Jésus et de Marie, pour les filles, et l'École Provencher, dirigée par les Frères Marianistes, pour les garçons. Les cours secondaires des deux écoles ont cessé d'exister lors de l'ouverture, en 1967, d'une nouvelle école secondaire bilingue mixte, l'Institut collégial Louis-Riel Collegiate.
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Photo : Source inconnue
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En 1982, faute d'inscriptions, le programme bilingue a été transféré et l'ancien Institut collégial a accueilli les élèves et le personnel du CSSB. C'est alors que le Collège Louis-Riel est né.
En 2004, le Programme du Baccalauréat International (BI) a débuté au Collège Louis-Riel. En 2009, le Collège Louis-Riel a été accepté au sein du réseau des écoles UNESCO.